Народився 7 липня 1935 р. у с. Стирти Черняхівського району Житомирської області.У 1953 р. закінчив Житомирський технікум землевпорядкування, а у 1958 р. - факультет землеустрою Львівського сільськогосподарського інституту.Протягом 1958-1965 рр. - інженер, старший інженер, керівник групи, головний інженер проектів проектно-розвідувальних органі­зацій із землеустрою і містобудування Закарпатської області, голо­вний інженер Закарпатської землевпорядної експедиції інституту Укрземпроект, а з 1965 по 1974 р. - референт і старший референт із землекористування та землеустрою Управління справами Ради Мі­ністрів УРСР. У 1974 р. призначений директором Республіканського проектного інституту із землевпорядкування Укрземпроект, у 1989— 1996 рр. - директор Інституту землеустрою УААН; з 1992 по 1996 р. очолював кафедру землевпорядкування Національного аграрного університету (за сумісництвом); у 1996-1999 рр. працював науковим директором Інституту землеустрою УААН і головою Державного ко­мітету України із земельних ресурсів; 1995-1999 рр. - член Комісії з питань аграрної і земельної реформ при Президентові України; 1997­2000 рр. - член Координаційної ради з питань місцевого самовря­дування при Президентові України; 1999-2001 рр. - член Комітету з питань аграрної політики при Президентові України; 2000­2002 рр. - позаштатний радник Голови Верховної Ради України; 2006-2010 рр. - член Комісії з опрацювання та комплексного вирішення питань реалізації державної політики у сфері раціонального використання та охорони земель при Президентові України; з червня 2010 р. і донині — член Міжвідомчої робочої групи з аналізу стану додержання законодавства у сфері земельних відносин при Прези­дентові України; з травня 2006 р. і донині — позаштатний консультант комітетів Верховної Ради України з питань державного будівництва та місцевого самоврядування і з питань аграрної політики та земельних відносин; з грудня 2006 р. і донині — радник Асоціації міст України з питань земельних відносин (за сумісництвом). З жовтня 1999 р. по травень 2003 р. працював директором Інституту землеустрою УААН, із серпня 2003 р. — заступник, перший заступник директора з науко­вої роботи Київського інституту земельних відносин Київради.У червні 1970 р. у Харківському сільськогосподарському інституті ім. В. В. Докучаєва захистив кандидатську дисертацію на тему: «Сільськогосподарське розселення Закарпаття і шляхи його удосконалення», а у липні 1986 р. в Інституті економіки АН УРСР — докторську дисертацію на тему: «Економічні проблеми використання і охорони земельних ресурсів Української РСР».У 1994 р. присвоєно вчене звання професора.Наукова діяльність Л. Я. Новаковського пов'язана з досліджен­ням проблем розселення населення, раціонального використання і охорони земельних ресурсів, екологізації природокористування, розвитку земельних відносин, землеустрою та земельного кадастру. Обирався головою Проблемної наукової ради із землекористування, землеустрою та земельного кадастру при Президії Всесоюзної ака­демії сільськогосподарських наук. Був експертом Верховної Ради СРСР при підготовці закону про основи земельного законодавства (1989). Очолював авторські колективи при підготовці проектів Зе­мельного кодексу України (1990, 1992, 2001), Законів України «Про землеустрій», «Про розмежування земель державної та комунальної власності», низки інших законодавчих і нормативних актів з питань розвитку земельних відносин, при розробці проекту Національної програми охорони земель на 1997—2010 роки, Програми створення автоматизованої системи ведення державного земельного кадастру та ін.Під керівництвом Л. Я. Новаковського в Україні виконано значні обсяги робіт із обстеження і картування ґрунтів, землеустрою, охорони земельних ресурсів, проведення економічної оцінки сільськогосподарських земель, здійснення земельної реформи, розроблено наукові основи і впроваджено в практику контурно-меліоративну організацію території.В останні роки Л. Я. Новаковський зосереджує свою наукову діяльність на дослідженні проблем формування та функціонування комунальної власності на землю, обґрунтування шляхів і механізмів розмежування земель державної та комунальної власності, на розробці концептуальних засад регулювання земельних відносин і формування регіональної земельної політики. Зокрема створено наукову модель формування земель територіальної громади міста Києва, розроблено Програму використання та охорони земельного фонду столиці Украї­ни на 2006-2010 та 2011-2015 роки.Опублікував 495 наукових праць, у тому числі 32 колективні та індивідуальні монографії.Ученим підготовлено 4 докторів та 7 кандидатів економічних наук.Обраний у 1990 р. дійсним членом (академіком) УААН (загальне землеробство). Член Відділення аграрної економіки, земельних відно­син і продовольства НААН.Л. Я. Новаковський - академік Української академії екологічних наук (1992), був членом спеціалізованих вчених рад із захисту доктор­ських дисертацій у Раді з вивчення продуктивних сил України НАНУ, Інституті економіки та прогнозування НАНУ, головним редактором науково-виробничого журналу «Землевпорядкування».Співпрацює з організаціями Німеччини щодо дослідження проблем земельного кадастру та землеустрою, а також з науковими закладами Російської Федерації - з питань розробки законодавчої і нормативної бази регулювання земельних відносин.Відзначений високими державними нагородами: орденами «Знак Пошани» (1977), «За заслуги» III (1999) і II ступенів (2001) та чотирма медалями, Почесною Грамотою Президії Верховної Ради УРСР (1985), Почесною Грамотою Верховної Ради України (2005), Почесною грамо­тою Кабінету Міністрів України (2006), іншими відзнаками. Присво­єно почесне звання заслуженого діяча науки і техніки України (1995). Лауреат Державної премії України в галузі науки і техніки (1993), по­чесний землевпорядник України.