Народився 3 жовтня 1957 р. у м. Коростень Житомирської області.Вищу освіту здобув на економічному факультеті Житомирського сільськогосподарського інституту, який закінчив у 1978 р. за фахом бухгалтерський облік у сільському господарстві. Працював економіс­том радгоспу (1978—1980), потім — молодшим науковим співробітни­ком Науково-дослідного інституту сільського господарства нечорно­земної зони України.З 1981 по 1984 р. навчався в аспірантурі Українського науково-дослідного інституту економіки і організації сільського господарства ім. О.Г. Шліхтера (нині — Національний науковий центр «Інститут аграрної економіки НААН»). Після закінчення аспірантури працював молодшим, старшим, провідним науковим співробітником, завідува­чем сектору, заступником завідувача відділу, закінчив докторантуру ін­ституту (1994-1997).Кандидатську дисертацію на тему: «Вдосконалення оплати праці керівників виробничих підрозділів рослинництва в колгоспах Україн­ської РСР» захистив у Грузинському сільськогосподарському інституті у 1986 р., докторську на тему: «Акціонерні відносини в агропромисло­вому комплексі: методологія і організація» - в Інституті аграрної еко­номіки у 1997 р.Доктор економічних наук з 1998 р., вчене звання професора присвоєно у 2007 р.З 1998 р. на державній службі. Працював заступником, першим заступником керівника Головного управління з питань економічної політики Адміністрації Президента України (1998—2005), Головної служби соціально-економічної політики Секретаріату Президента України (2006), завідувачем відділу соціально-економічних питань апарату Прем'єр-міністра України (2007), директором Державного департа­менту агентства України з інвестицій та інновацій (2008—2010). З бе­резня 2010 р. працював директором департаменту Міністерства фінан­сів України. З 2011 р. директор ННЦ «Інституту аграрної економіки» НААН.Учений є автором одного з перших наукових досліджень з питань організації акціонерних відносин в агропромисловому комплексі України, теоретичних, науково-прикладних та методичних розробок з питань організації оплати праці та господарського розрахунку, при­ватизації майна та реформування підприємств АПК, створення гос­подарських структур ринкового типу, реформування земельних відно­син, концентрації майнової власності, інноваційно-інвестиційного та соціального розвитку агропромислового комплексу, рекомендованих для впровадження Міністерством аграрної політики та продовольства України, Національною академією аграрних наук України, ННЦ «Ін­ститут аграрної економіки».Ю. О. Лупенко брав безпосередню участь у розробці та експертизі низки проектів законів України, указів Президента України з еконо­мічних питань, нормативних актів Мінагрополітики, Мінфіну, Фонду державного майна, держінвестицій, зокрема щодо реформування сільськогосподарських підприємств та земельних відносин, приватизації майна підприємств агропромислового комплексу, розвитку сільськогосподарської кооперації, підприємництва та ін.За результатами досліджень опубліковано 160 наукових праць, у тому числі 22 монографії, 11 навчальних посібників, 26 науково-практичних та методичних рекомендацій.Підготував 7 кандидатів економічних наук.Обраний у 2007 р. дійсним членом (академіком) УААН.Заслужений діяч науки і техніки України (2004), нагороджений Почесною грамотою Кабінету Міністрів України (2004).Працює у складі редакційних колегій низки фахових журналів України, спеціалізованої експертної ради ВАК України, спеціалізованої вче­ної ради із захисту докторських дисертацій у НДФІ Мінфіну України.