Народився 12 липня 1952 р. в с. Новоселівка Гадяцького району Полтавської області.Закінчив у 1974 р. агрономічний факультет Полтавського сільськогосподарського інституту.Протягом 1974—1976 рр. — агроном колгоспу «Зоря комунізму», старший агроном районного управління сільського господарства, головний агроном колгоспу Гадяцького району Полтавської області; 1976—1979 рр. — аспірант Науково-дослідного інституту садівництва (м. Москва). Упродовж 1980—1986 рр. — молодший, старший науко­вий співробітник Українського науково-дослідного інституту садів­ництва; 1986—1989 рр. — головний спеціаліст-керівник групи науки і технологій, головний агроном Головплодоовочпрому Держагропрому України; 1989—1991 рр. — старший, провідний науковий співро­бітник, 1991—1996 рр. — заступник директора з наукової роботи Ін­ституту садівництва, 1996—2011 р. — директор Інституту садівництва, 2011 р. — головний науковий співробітник відділу зберігання, пере­робки та аналітичних досліджень Інституту садівництва НААН (м. Київ, смт Новосілки).У 1981 р. в Науково-дослідному зональному інституті садівництва (м. Москва) захистив кандидатську дисертацію на тему: «Вплив кон­струкції насаджень і стану ґрунту на водний режим, ріст і продуктив­ність яблуні у Підмосков'ї», а у 2001 р. — докторську дисертацію на тему: «Адаптація яблуні в Україні» в Національному аграрному універ­ситеті.Коло наукових інтересів П. В. Кондратенка включає оцінку економічних, кліматичних, ґрунтових умов регіонів України яблуневих на­саджень.Безпосередньо за участю П. В. Кондратенка та під його керівни­цтвом уперше в Україні за допомогою розроблених комп'ютерних про­грам обґрунтовано комплексний вплив ґрунтово-кліматичних умов на продуктивність яблуні. Визначено і теоретично обґрунтовано коефі­цієнти регресії зон вирощування цієї культури в Україні. Здійснено групування ґрунтів за ступенем придатності їх для вирощування яблу­ні та складено відповідну карту. Обґрунтовано перспективні способи інтенсивного вирощування вегетативних підщеп, оздоровлення райо­нованих та перспективних підщеп, розмноження їх у культурі іп vitro та маточнику. Обґрунтовано методичні аспекти ведення наукових до­сліджень у сучасних насадженнях яблуні. Проведено науковий аналіз і оцінено напрям вирощування пальметних яблуневих садів в Україні. Вперше розроблено класифікацію збудників грибних захворювань на­саджень яблуні у різних регіонах України.Основні наукові розробки П. В. Кондратенка впроваджено у спеціалізованих садівничих господарствах усіх регіонів України. Проводиться також перезакладання садів відповідно до запропонованої технології. Розроблений спосіб вирощування високоякісного садивного матері­алу дав змогу господарствам закласти оздоровлені маточники вегета­тивних підщеп, розмножити селекційні дефіцитні крони та передати їх у розсадницькі господарства. Технологія вирощування яблуневих садів дає можливість в умовах виробництва зменшити витрати на догляд за ними на 30%, а пестицидне навантаження — на 25% і підвищити продуктивність насаджень до 25—30 т/га.Основним напрямом наукової діяльності вченого є створення комплексної ресурсозберігаючої технології вирощування насаджень яблуні в різних регіонах України. Для цього в єдину схему об'єднано дослі­дження з оцінки природно-кліматичних умов, ґрунтів, сортів, конструкцій насаджень, захисту рослин, зберігання плодів, оздоровлення та виробництва садового матеріалу, а також економічну оцінку регіонів стосовно до промислового вирощування продукції.За його участю виконано оцінку регіонів для визначення найбільш ефективних зон промислового вирощування конкурентоспроможних плодів яблуні на експорт, а також для внутрішнього використання в Україні. Запропоновано сорти, технології вирощування садивного матеріалу, засоби захисту рослин, способи збирання та зберігання плодів, які дають змогу отримати продукцію високої якості та низької собівартості.П. В. Кондратенком опубліковано близько 210 наукових праць, у тому числі (автор і співавтор) 12 монографій і 12 рекомендацій з пи­тань технології вирощування плодових культур та методики проведен­ня досліджень у садівництві. Його роботи опубліковано в міжнародних виданнях Сполучених Штатів Америки, Німеччини, Польщі, Росії, Білорусі, Молдови.Під керівництвом Петра Васильовича Кондратенка захищено 2 докторські і 5 кандидатських дисертацій і ще його 8 аспірантів готуються до захисту.Обраний у 1999 р. членом-кореспондентом УААН, а у 2002 р. — дійсним членом (академіком) УААН.Петро Васильович Кондратенко є членом редколегії журналу «Сад, виноград і вино України», заступником голови Міжнародної програми «Плодівництво» (м. Москва), обраний членом Міжнародного коміте­ту по горіхоплідних культурах, є співавтором проекту Закону України «Про підтримку садівництва». Брав участь у розробці та виконанні міжнародних програм із садівництва Німеччини, Нідерландів, Поль­щі, Чехії, Ірану.Лауреат Премії ім. Л. П. Симиренка (2002) та Державної премії України в галузі науки і техніки. Нагороджений дипломами і медалями міжнародних виставок.