Народився 3 червня 1960 р. у с. Дернівка Баришівського району Київської області.Закінчив агрономічний факультет Ворошиловградського сільськогосподарського інституту у 1982 р., а також магістратуру історичного факультету ДВНЗ «Переяслав-Хмельницький державний педагогічний університет імені Григорія Сковороди» у 2010 р. Трудову діяльність роз­почав у 1982 р. агрохіміком Панфильської дослідної станції з освоєння боліт Українського НДІ землеробства (Яготинський район Київської області). Після закінчення у 1988 р. аспірантури ННЦ «Інститут земле­робства УААН» працював у ньому спочатку молодшим науковим спів­робітником, потім науковим співробітником лабораторії захисту ґрунтів від ерозії. З 1993 р. — завідувач сектору міжнародних зв'язків та під­готовки наукових кадрів, а з 1998 р. — завідувач відділу інформаційного та консультаційного забезпечення АПВ Київської області. З 2000 р. призначений на посаду директора Державної наукової сільськогоспо­дарської бібліотеки (ДНСГБ) НААН.Упродовж 1982—2003 рр. виробничу, наукову та освітню діяльність В. А. Вергунова було спрямовано на удосконалення технологічних підходів щодо екологічно збалансованого ведення сільського господарства на меліорованих ґрунтах Лісостепу України, результатом якої стали за­хист дисертацій: у 1992 р. — кандидатської на тему: «Продуктивність бобово-злакових травосумішок залежно від зрошення та мінерального живлення при структурній меліорації мілкоторфовищ Лісостепу Укра­їни», у 2003 р. докторської — у Дебреценському університеті (Угорська Республіка) на здобуття наукового ступеня доктора габілітації сіль­ськогосподарських наук на тему: «Використання традиційних і нових агротехнічних засобів та стимуляторів для підвищення продуктивності сільськогосподарських культур і зниження забруднення їх урожаю ра­діоактивним цезієм» та у 2010 р. — докторської на тему: «Наукові засади природоохоронного адаптивно-ландшафтного землеробства меліоро­ваних земель у басейнах малих річок Лісостепу України». Має премії в галузі науки і техніки: ім. О. Бойченка (1990), ім. Островського (1991), НАН України для молодих вчених (1995), УААН — «За видатні досяг­нення в аграрній науці» (2001), АР Крим (2006), а також срібна медаль ВДНГ УРСР (1990), обрання почесним професором Сарвашського ін­ституту водного господарства та охорони навколишнього середовища (2003, Угорщина), Луганського НАУ (2001), відомчі нагороди МАП України, Міносвіти України, МНС України, Держводгоспу України.Перехід на постійну роботу до ДНСГБ НААН якісно змінив пріоритети діяльності й організаційну структуру бібліотеки, переорієнтувавши її в наукову установу категорії А за своєю суттю. Ним у 2001 р. було створено єдиний у країні Центр історії аграрної науки, при якому відкрито аспірантуру, докторантуру та спецраду із захисту дисертацій.Професором В. А. Вергуновим засновано новий напрямок і власну школу у вітчизняному природознавстві — вивчення історії аграрної науки, освіти та техніки. З цих питань під науковим керівництвом учено­го захищено 43 дисертації на здобуття наукового ступеня історичних (29), сільськогосподарських (13) та біологічних (1) наук. Ним опублі­ковано близько 850 наукових праць, одноосібних монографій, бібліо­графічних покажчиків. Цикл робіт В. А. Вергунова «Проблеми україн­ської історії в контексті досліджень європейської інтеграції» отримав Премію імені М. С. Грушевського НАН України (2009).Науково-організаційна та методична діяльність професора В. А. Вергунова як директора головної книгозбірні аграрної галузі та віце-президента Асоціації бібліотек України, що за своїм фондом є третьою галузевою бібліотекою світу, визнано на державному рівні, а також фахівцями з-за кордону. За його методичним керівництвом розроблено «Концепцію інформатизації бібліотек України», схвалену профільним Комітетом Верховної Ради України, а також затверджено Президією НААН «Концепцію інформатизації сільськогосподарських бібліотек України» та 50 нормативних і регламентуючих документів для 257 методично підпорядкованих бібліотек галузевих дослідних установ та освітніх закладів. Завдячуючи організаційній діяльності директора за останні п'ять років ДНСГБ НААН перетворилася не тільки у визна­ний у країні та за її межами потужний і добре обладнаний галузевий інформаційний центр, а й культурно-просвітницький осередок Фран­ції, Німеччини, Польщі, Ізраїлю, Росії та Угорщини в м. Києві. Ним розроблено методичні засади з трансферу інновацій для сільськогосподарських бібліотек України, зокрема висвітлено теорію та методику організації інноваційних процесів і розкрито сутність удосконалення їхньої роботи на основі трансферу інновацій.У 2010 р. обрано членом-кореспондентом НААН Відділення наукового забезпечення трансферу інновацій, а у 2012 р. — іноземним чле­ном РАСГН.За багаторічну сумлінну працю В. А. Вергунов нагороджений Почесною грамотою Кабінету Міністрів України (2002), Грамотою (2002) та Почесною Грамотою Верховної Ради України (2005), медаллю Верховної Ради України «Десять років незалежності» (2003) та ювілейною медаллю «Двадцять років незалежності України» (2011), Почесною відзнакою УААН (2007), орденами «За заслуги» ІІІ ступеня (2009) та «За заслуги в сільському господарстві» (Республіка Франція, 2010), також йому присвоєно почесні звання: заслуженого працівника сільського господарства України (2003) та заслуженого діяча науки і техніки Автономної Республіки Крим (2010).