Народилася 11 травня 1972 р. у с. Харківці Переяслав-Хмельницького району Київської області.

У 1994 р. закінчила Український державний педагогічний універси­тет імені М.П. Драгоманова за фахом учитель біології та хімії.

Цього ж року почала  працювати в Інституті розведення і генетики тварин УААН на посаді молодшого наукового співробітника лабораторії клітинної інженерії, з 1997 р. — науковий співробітник,  з 2000  по 2001 рр. - старший   науковий  співробітник  цієї лабораторії. Упродовж 2001—2011 рр. очолювала лабораторію клітинної інженерії. З січня 2011 р. призначена на посаду заступника директора з наукової роботи Інституту розведення і генетики тварин НААН.

2006 року  отримала о вчене звання старшого наукового співробітника.

     Ковтун С.І. - одна з провідних учених у галузі біотехнології та  генетики тварин. Спектром її наукових досліджень є застосування біотехнологічних методів у відтворенні тварин з метою послідовного підвищення генетичного потенціалу й одночасного збереження генофонду не конкурентноздатних  племінних ресурсів, вивчення генетичних аспектів гамето- і ембріогенезу та запровадження їх у практику тваринництва України. Під її керівництвом удосконалено технологію трансплантації свіжоотриманих і кріоконсервованих ембріонів великої рогатої худоби на основі запровадження детальної зажиттєвої оцінки якості зародків у поєднанні з цитогенетичним аналізом для підвищення рівня приживлення ембріонів, що пересаджуються (2009). Ефективність цих ро­біт підтверджено наданням Міністерством аграрної політики України інституту розведення і генетики УААН статусу підприємства (лабораторії) з трансплантації ембріонів (атестат № 4262 від 19.01.2006 та № 7616 від 7.12. 2009). Фахівці  Інституту  за активної участі Ковтун С.І. плідно спів­працюють  з біотехнологами та ембріологами наукових установ Російської Федерації, Республіки Білорусь, Республіки Молдова, Республіки Польща.

2011 р. отримала вчене звання професора.

      Під керівництвом  Ковтун С.І. вперше в Україні розпочалися спільні дослідження науковців Інституту розведення і генетики тварин НААН та Інституту хімії поверхні імені О.О.Чуйка НАН України із впровадження но­вої технології використання нанобіоматеріалів для кріоконсервування гамет та одержання ембріонів сільськогосподарських тварин іп vitro в системі довгострокового зберігання генетичних ресурсів тварин.

      Опубліковано 128 наукових праць, серед яких три  монографії та один  підручник у співавторстві, дві методичні рекомендації;  автор  одного  патенту.

      Підготовлено і захищено три  кандидатські дисертації, проходять підготовку  чотири аспіранти.

      Обрана у 2010 р. членом-кореспондентом НААН Відділення ветеринарної медицини та зоотехнії.

     У  квітні 2013 року Ковтун С.І. обрана на посаду Головного вченого секретаря Президії НААН.

      Лауреат Премії Президента України для молодих учених (2004). Нагороджена Почесною грамотою Президії НААН  (2010) та Почесною грамотою Кабінету Міністрів України (2011).